Despre viaţa Sfântului Isaac se cunosc foarte puţine lucruri. Sfântul Isaac s-a născut în regiunea Qatarului sau a Bahreinului actual, pe coasta vestică a Golfului Persic. A trăit în secolul al şaselea. El şi fratele său au intrat în mănăstirea ascetului Matei lângă Ninive şi au primit haina monahală. Învăţătura sa, virtuţile şi modul de viaţă ascetic au atras atenţia fraţilor şi aceştia i-au propus să conducă treburile mănăstirii. Sfântul Isaac nu voia o asemenea povară asupra lui, preferând să trăiască în singurătate, de aceea a părăsit mănăstirea pentru a vieţui în pustiu.
Fratele său a insistat de mai multe ori pe lângă el să se întoarcă la mănăstire dar nu a acceptat. Cu toate acestea, când renumele sfinţeniei vieţii sale s-a răspândit, a fost făcut Episcop de Ninive. Văzând cruzimea şi neascultarea locuitorilor cetăţii, sfântul a simţit că era peste puterile lui să le fie conducător şi cu atât mai mult plângea de dorul singurătăţii. Iar după numai cinci luni ca Episcop, Sfântul Isaac s-a retras şi a plecat în munţi, să trăiască împreună cu pustnicii. Acolo a trăit în singurătate mulţi ani, nevoindu-se în post, rugăciune şi studiul Sfintei Scripturi. Se povesteşte că se hrănea doar cu puţină pâine şi legume nefierte. Sfântul Isaac a fost şi unul din puţinii sfinţi răsăriteni care au ajuns pe o asemenea treaptă duhovnicească, încât a îndrăznit să se roage chiar şi pentru demoni. Se spune că, din pricina multelor nevoinţe şi a studiului intens, a ajuns să orbească. Orbirea, precum şi vârsta înaintată l-au obligat să părăsească pustia şi să se retragă la Mănăstirea Rabban Shabur, unde a adormit cu pace, la o vârstă înaintată şi unde a fost şi înmormântat.