Unde se găsesc acum moaștele autentice ale Sfântului Benedict? O întrebare la care se poate răspunde diferit.
Firește, călugării de la Montecassino insistă asupra faptului că ele se află în prezent în mănăstirea lor. În același timp, se știe că acestea au fost transferate (mai corect, furate) în Evul Mediu de către niște călugări benedictini francezi, și duse în mănăstirea lor din Fleury-sur-Loire din centrul Franței. Această mutate a relicvelor de la Montecasino la Fleury este documentată prin două relatări independente din secolul al VIII-lea: de un manuscris din mănăstirea Sfântului Emmeram din Regensburg și de „Historia Longobardorum” a lui Pavel Diaconul. Potrivit acestor surse, între anii 660 și 707, un grup de călugări benedictini din Fleury au mers la Abația Montecassino, care atunci zăcea în ruine după ce fusese complet distrusă de lombarzi în 577, cu intenția de a aduna moaștele Sfântului Benedict. Expediția a fost justificată prin faptul că rămășițele sfântului trebuiau salvate cu orice preț. În călătoria către Italia, li s-au alăturat câțiva călugări benedictini din mănăstirea Le Mans, care mergeau la Montecassino după moaștele Sfintei Scolastica. Când au ajuns la Roma, cei de la Le Mans au zăbovit în așteptarea de a primi binecuvântarea Papei pentru transferul moaștelor, îi timp ce călugării de la Fleury au decis să plece direct la Montecassino. Aici, au fost ajutați în căutarea locului fostei mănăstiri de un păzitor de porci. Răscolind printre dărâmăturile bisericii, au descoperit două plăci de marmură, inscripția cărora demonstră că sub ele se găsesc moaștele Sfântului Benedict și ale Sfintei Scolastica, sora sa. La scurt timp după aceea a sosit și grupul de la Le Mans, dar deja era târziu – relicvele intrase în posesia celor la Fleury, care erau în drum spre casă. Locuitorii din Le Mans, aflând acest lucru, s-au dus la Fleury pentru a revendica moaștele Sfintei Scolastica pe care, după multe negocieri, au reușit în anul 874 să le obțină. Astăzi ele sunt păstrate în biserica Mănăstirii Sainte-Scolastique din Juvigny-sur-Loison. Studiile efectuate de oamenii de știință asupra moaștelor atribuite Sfântului Benedict și Sfintei Scolastica, ce se păstrează acum la Fleury și Juvigny, confirmă că au aparținut unui bărbat și unei femei care au trăit în secolul al VI-lea.
Călugării din Montecassino însă au negat și continuă să nege că moaștele Sfântului Benedict și Sfintei Scolastica au fost vreodată furate. După bombardamentele anglo-americane din 1944, când Abația din Montecassino fusese distrusă, în 1950 încep lucrările de rezidire a mănăstirii. În timpul acestor lucrări a fost găsită în zona altarului principal o urnă ce conținea rămășițe din scheletele a doi sfinți, cu o inscripție care indică că respectiva urnă fusese așezată sub altar pe timpul starețului Angelo della Noce în anul 1659. Când aceasta a fost deschisă, sub capac se putea citi inscripția: “Ssmi Benedicti et Scholast. Sacra ossa et cineres” (Sfinții Benedict și Scholastica. Oase sfinte și cenușă). În interior se afla un sicriu din lemn de chiparos care conținea la rândul său un alt sicriu de plumb pe care era gravat „Ssmus P.P. Benedictus et Scholastica”. După mai multe studii, în 1955 aceste rămășițe au fost sigilate și așezate sub altarul mare al bazilicii restaurate din Montecassino.
Aceste oase au fost comparate cu cele conservate la Fleury și Juvigny, în Franța. Concluzia oamenilor de știință a fost că oasele prezente în cele două locuri aparțin unor persoane diferite și, prin urmare, a fost exclusă ipoteza precum că adevăratele moaștele au fost împărțite între Franța și Italia. De fapt, moaștele pe care le găsise starețul de Montecassino Angelo della Noce în 1659 erau cele pe care anterior, în 1066, le găsise starețul Dezideriu, care, la rândul său crezând că sunt ale Sfântului Benedict, le-a așezat în mormântul lui. Dar a cui moaște a găsit starețul Dezideriu nu știe nimeni. Mărturiile și documentele anterioare anului 1066 sunt puține și confuze. Este cert că din anul 577, când mănăstirea fusese distrusă de lombarzi, și până în 1066, la Montecassino, așa după cum menționeaza mai mulți martori oculari, se păstra doar mormântul gol al marelui stareț Benedict.
Separat de aceată lungă și incertă istorie a moaștelor Sfântului Benedict, mai există o altă istorie, legată de presupusa relicvă a mâinii drepte a Sfântului, care s-ar fi păstrat multă vreme la Brescia. În 759 starețul de Montecassino Optato, la cererea regelui Dezideriu, a trimis un grup de călugări la Brescia cu o urmă ce conținea un os din brațul drept al Sfântului Benedict. O parte din acest os a fost restituită la Montecassino în 1878, deoarece înainte de redescoperirea din 1950, relicvele din Brescia, în opinia călugărilor din Montecassino, erau singurele existente ale sfântului. În prezent, acest relicvar cu presupusa mână a Sfântului Benedict se păstrează în catedrala din Brescia. Cu toate acestea, potrivit unor studii efectuate recent, moaștele din Brescia nu sunt compatibile cu cele găsite în 1950 la Montecassino.
